Julius Baer wuchs in Wiesbaden als Sohn des Kaufmanns Hermann Baer und seiner Frau Rosalie (Sali) Silbermann (1876–1941) auf. Nach dem Abitur an einem humanistischen Gymnasium studierte er Medizin in Freiburg, München und Straßburg. Hier bestand er 1899 das Staatsexamen, wurde approbiert und promoviert.1
An der Charité und in Straßburg
Nach einer ersten Assistententätigkeit an der Straßburger Ohrenklinik wechselte er an die II. Medizinische Klinik der Charité unter dem Internisten Carl Jakob Christian Adolf Gerhardt. Für seine Habilitation kehrte er nach Straßburg zurück und wurde dort 1907 Privatdozent für Innere Medizin. 1913 folgte die Ernennung zum nichtbeamteten außerordentlichen Professor.
Im Ersten Weltkrieg war Baer zunächst in einem Seuchenlazarett für Typhus-Kranke in Laon an der Westfront tätig, später als Abteilungsarzt bei der Feldartillerie und in der Festung Straßburg.
Flucht nach Palästina
Nach dem Krieg unterbrach er seine universitäre Laufbahn und ließ sich als Facharzt für Innere Erkrankungen in Frankfurt am Main nieder. Dort wurde er 1920 Mitglied der Medizinischen Fakultät und 1922 außerordentlicher Professor. 1935 verlor er seine Lehrbefugnis und wurde entlassen.2 Noch im selben Jahr gelang ihm die Flucht nach Palästina.
Baer war zweimal verheiratet. Seine erste, 1892 geborene Frau Mathilde (Thilde) starb 1915; 1920 heiratete er seine zweite Frau Olga. Julius Baer hatte zwei Schwestern, Gisela Reis und Bertha Hitz.3