Karl Joachim Harpuder wuchs in einer Münchener jüdischen Familie auf.1 Er studierte in seiner Heimatstadt Medizin und bestand dort 1917 das Staatsexamen.2 Seine erste Anstellung fand er am Münchener Institut für Physiologie. Ab 1921 arbeitete er als Assistenzarzt an der Medizinischen Klinik der Universitätsklinik Kiel unter Alfred Schittenhelm (1874–1954). 1925 wurde er Direktor des Forschungsinstituts für Hydrologie und Stoffwechsel in der Wiesbadener Schützenhofstraße 4.3
1933 wurde Harpuder entlassen. Er verließ Deutschland daraufhin und gelangte als Wissenschaftler in der Position eines „resident fellow“ an das Londoner Guy's Hospital.
Am 5. Mai 1934 setzte er gemeinsam mit seiner Frau Auguste an Bord eines Passagierschiffes von Liverpool aus nach New York über.4 Die in Berlin geborene Auguste Knösing hatte er kurz zuvor, am 25. September 1933, in Straßburg geheiratet.5 In offiziellen Dokumenten bezeichnete sie sich als Hausfrau.
Für den Wechsel von England in die USA waren möglicherweise die Anforderungen ausschlaggebend, die die englischen Behörden an den Erhalt der Approbation knüpften. Der Bundesstaat New York erkannte 1934 die deutsche Bestallung ohne Umstände an.
In New York bewarb sich Harpuder bereits im Oktober 1934 um die amerikanische Staatsbürgerschaft.6 Ab 1935 arbeitete er am Montefiore Hospital and Medical Center in der Bronx, wo er bis zum Direktor der Abteilung für physikalische Medizin und Rehabilitation aufstieg. 1961 wurde er pensioniert, blieb aber als „consultant“ in der Klinik tätig. Zudem war er „senior consultant“ am Veterans Administration Hospital in der Bronx sowie Berater des United States Public Health Service.
Neben seiner klinischen Tätigkeit war Harpuder ein engagierter Hochschullehrer und unterrichtete am College of Physicians and Surgeons der Columbia University, dem New York Medical College, der New York University und dem Albert Einstein Medical College. Darüber hinaus war er Mitherausgeber des American Journal of Physical Medicine und als Präsident der New Yorker Society of Physical Medicine and Rehabilitation sowie der Eastern Section of the American Congress of Physical Medicine and Rehabilitation auch standespolitisch aktiv. Für seine zahlreichen Verdienste auf dem Gebiet der Rehabilitationsmedizin verlieh ihm der American Congress 1957 den „Gold Key Award“.7
Am 5. April 1974 verstarb Karl Harpuder im Alter von 80 Jahren in New York. Seit dem 27. Oktober 2021 erinnern auf Veranlassung der DGIM vor dem Haus Schützenhofstraße 4 in Wiesbaden „Stolpersteine“ an Karl und Auguste Harpuder.